Η Ευρωπαϊκή Ένωση (ΕΕ), μέσω της Κοινοτικής Οδηγίας 2003/87/ΕΚ όπως αυτή τροποποιήθηκε από την Οδηγία 2009/29/ΕΚ, έχει θεσπίσει σύστημα εμπορίας των δικαιωμάτων εκπομπής αερίων θερμοκηπίου προκειμένου να επιτευχθεί η μείωσή τους στην Κοινότητα με οικονομικά αποδοτικό τρόπο. Με τη βοήθεια του συστήματος αυτού, η Κοινότητα και τα κράτη μέλη της επιδιώκουν την εκ μέρους τους τήρηση των οικείων υποχρεώσεων περιορισμού των εκπομπών αερίων που συμβάλλουν στο φαινόμενο του θερμοκηπίου, τις οποίες ανέλαβαν στο πλαίσιο του Πρωτοκόλλου του Κιότο. Οι εγκαταστάσεις που δραστηριοποιούνται στους τομείς της ενέργειας, της παραγωγής και μεταποίησης των σιδηρούχων μεταλλευμάτων, της εξορυκτικής βιομηχανίας και της παραγωγής χαρτιού και χαρτονιού υπόκεινται υποχρεωτικά στο εν λόγω σύστημα ανταλλαγής δικαιωμάτων.
Σύμφωνα με το κοινοτικό σύστημα εμπορίας, τα δικαιώματα εκπομπών κατανέμονται από κάθε Κράτος-Μέλος στις εγκαταστάσεις που υπάγονται στο σύστημα. Τα δικαιώματα αυτά μπορούν να μεταβιβάζονται και οι επιχειρήσεις μπορούν να τα χρησιμοποιήσουν για εκπλήρωση μέρους των υποχρεώσεών τους για μείωση των εκπομπών αερίων του θερμοκηπίου. Οι επιχειρήσεις από την πλευρά τους έχουν την δυνατότητα πώλησης ή αγοράς δικαιωμάτων εκπομπών ελεύθερα στην αγορά μέσω των χρηματιστηρίων ρύπων, μέσω τραπεζικών και χρηματιστηριακών οίκων είτε μέσω απευθείας συναλλαγών με άλλες επιχειρήσεις. Η τιμή του δικαιώματος διαμορφώνεται σε συνάρτηση με την προσφορά και ζήτηση.
Η Protergia Α.Ε., σε πλήρη συμμόρφωση με τις διατάξεις της Κοινοτικής Οδηγίας καθώς και του υφιστάμενου εθνικού νομοθετικού πλαισίου, έχει προβεί σε όλες τις απαραίτητες ενέργειες προκειμένου να εισέλθει στο σύστημα εμπορίας δικαιωμάτων εκπομπών. Για τις υφιστάμενες μονάδες ηλεκτροπαραγωγής, η εταιρεία έχει δρομολογήσει τις απαραίτητες διαδικασίες για την λήψη άδειας εκπομπής αερίων του θερμοκηπίου και έχει παράλληλα αναπτύξει την κατάλληλη υποδομή για την παρακολούθηση εκπομπών και την υποβολή εκθέσεων. Επιπρόσθετα, η εταιρεία έχει αναπτύξει ειδική πλατφόρμα εμπορίας δικαιωμάτων εκπομπής αερίων του θερμοκηπίου με σκοπό την πραγματοποίηση συναλλαγών σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα.