Η εμπορική δραστηριότητα της Protergia έχει ως κύριο σκοπό τη διαχείριση και εμπορία ηλεκτρικής ενέργειας, η οποία παράγεται στις σύγχρονες και φιλικές προς το περιβάλλον εγκαταστάσεις ηλεκτροπαραγωγής της εταιρείας (ΘΗΣ, μονάδα ΣΗΘ και μονάδες ΑΠΕ).
Βασικό προορισμό για την παραγόμενη ηλεκτρική ενέργεια της Protergia αποτελεί η χονδρεμπορική αγορά. Σημειώνεται ωστόσο, ότι η δυναμική επέκταση των εμπορικών δραστηριοτήτων της εταιρείας στο χώρο της λιανικής αγοράς στην Ελλάδα, συμπεριλαμβάνεται στους κύριους στρατηγικούς στόχους της εταιρείας.
Η διεύρυνση των εμπορικών δραστηριοτήτων της Protergia σε χώρες της νοτιοανατολικής Ευρώπης μέσω των διασυνοριακών ηλεκτρικών διασυνδέσεων, αποτελούν επίσης αναπόσπαστο μέρος του καθημερινού προγράμματος της Διεύθυνσης Διαχείρισης Ενέργειας. Οι εν λόγω δραστηριότητες περιλαμβάνουν συμμετοχή σε δημοπρασίες για απόκτηση δικαιωμάτων πρόσβασης στις διασυνδέσεις, καθώς και διασυνοριακό εμπόριο ηλεκτρικής ενέργειας σε χώρες της Νοτιοανατολικής Ευρώπης.