Για την πρωτογενή παραγωγή ενέργειας, η Protergia κατέχει ή /και διαχειρίζεται απευθείας ή για λογαριασμό άλλων θυγατρικών εταιρειών του Ομίλου θερμικές μονάδες με καύσιμο Φυσικό αέριο, χωροθετημένες στο νότιο σύστημα της χώρας, καθώς και σταθμούς παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας από Ανανεώσιμες Πηγές Ενέργειας.
Στο χώρο των Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας, η Protergia διαθέτει Αιολικά πάρκα (Α/Π), μικρά Υδροηλεκτρικά έργα (ΜΥΗΕ) και Φωτοβολταϊκά (Φ/Β). Ορισμένα λειτουργούν ήδη και άλλα βρίσκονται σε διαφορετικά στάδια ανάπτυξης (κατασκευής ή αδειοδότησης), σε διάφορες περιοχές της χώρας.
Η εμπορική δραστηριότητα της Protergia έχει ως κύριο σκοπό τη χονδρική και λιανική εμπορία ηλεκτρικής ενέργειας, η οποία θα παράγεται στις σύγχρονες και φιλικές προς το περιβάλλον εγκαταστάσεις ηλεκτροπαραγωγής της εταιρείας.
Οι εν λόγω δραστηριότητες περιλαμβάνουν συμμετοχή σε δημοπρασίες για απόκτηση δικαιωμάτων παροχής ισχύος και δικαιωμάτων πρόσβασης στις ηλεκτρικές διασυνδέσεις, ανάπτυξη δικτύου καταναλωτών, καθώς και διασυνοριακό εμπόριο ηλεκτρικής ενέργειας σε χώρες της Νοτιοανατολικής Ευρώπης.
Μία, επιπλέον, δραστηριότητα της εταιρείας αποτελεί και η εμπορία εκπομπών αερίων του θερμοκηπίου (CO2).
Τέλος, η Protergia ασχολείται και με τη διαχείριση φυσικού αερίου για την κάλυψη των αναγκών λειτουργίας των θερμικών μονάδων της.